Google DeepMindin Co-Scientist sai vihdoin akateemisen sinettinsä, kun multi-agent-järjestelmää kuvaava artikkeli ilmestyi Naturessa 19. toukokuuta. Samana päivänä Stanfordin tutkijat raportoivat Advanced Science -lehdessä, että työkalu tunnisti syöpälääke Vorinostatin maksafibroosin hoitokandidaatiksi. Hepaattisissa organoideissa lääke leikkasi TGFβ-signaloinnin aiheuttamat kromatiinimuutokset 91 prosentilla.
Mitä Co-Scientist oikeastaan tekee
Co-Scientist on Gemini-pohjainen tutkijajärjestelmä, joka koostuu kuudesta erikoistuneesta agentista ja niitä koordinoivasta valvojasta. Työnkulku jakautuu kolmeen vaiheeseen. Generointiagentti kaivaa kirjallisuudesta hypoteesit, läheisyysagentti ryhmittelee ne erillisiksi tutkimuspoluiksi, heijastusagentti arvioi ne virtuaalisena vertaisarvioijana, ja arvotusagentti järjestää pareittaisen ideaturnauksen. Evoluutioagentti yhdistää sitten parhaita ehdotuksia uudeksi sukupolveksi ja metakatsausagentti kokoaa lopullisen tutkimussuunnitelman.
Erityispiirre on todentaminen. Järjestelmä käyttää huomattavasti laskenta-aikaa siihen, että se ristiintarkistaa väitteensä ChEMBL- ja UniProt-tietokannoista sekä kirjallisuudesta, ja yhdistyy tarvittaessa AlphaFoldin kaltaisiin erityismalleihin. Kysymys ei ole pelkästä kielimallista, joka sylkee ehdotuksia, vaan ohjatusta prosessista, joka asettaa omat hypoteesinsa tutkittavaksi.
Stanfordin koe: 91 prosentin leikkaus
Maksafibroosi on maksan arpeutumista, joka voi edetä kirroosiksi. Maailman terveysjärjestön mukaan kirroosi tappaa yli 1,4 miljoonaa ihmistä vuosittain, eikä fibroosin etenemiseen ole hyväksyttyä lääkehoitoa. Stanfordin geneetikko Gary Peltz lähetti Co-Scientistin etsimään uudelleenkäyttöehdokkaita jo hyväksytyistä lääkkeistä.
Tekoäly ehdotti kolmea kandidaattia. Peltz valitsi kirjallisuudesta itse vielä kaksi vertailukohdaksi. Kaikki viisi testattiin laboratorion hepaattisilla organoideilla. Organoidit ovat ihmisen kantasoluista kasvatettuja kolmiulotteisia minielimiä, jotka jäljittelevät maksakudoksen rakennetta tarkemmin kuin perinteinen soluviljelmä mutta nopeammin kuin eläinkoe. Lääkkeet altistettiin TGFβ-kasvutekijälle, joka käynnistää maksasoluissa arpeumaa tuottavan vasteen.
Tulos oli ehdoton. Peltzin itse valitsemista lääkkeistä kumpikaan ei tehonnut. Tekoälyn kolmesta ehdotuksesta kaksi pysäytti fibroosin etenemisen, ja Vorinostat – ihon T-solulymfoomaan vuodesta 2006 käytetty syöpälääke – leikkasi TGFβ-vasteen kromatiinitasolla 91 prosentilla. Koska Vorinostatilla on jo dokumentoitu turvallisuusprofiili ihmisillä, matka kliinisiin kokeisiin lyhenee tyypillisestä uudesta molekyylistä vuosilla.
Mitä tämä tarkoittaa suomalaiselle potilaalle
Maksafibroosi ei ole reuna-aiheinen sairaus. Alkoholista ja rasvamaksasta etenevä fibroosi on yleistynyt myös Suomessa: HUS:n hepatologiset osastot vastaanottavat potilaita säännöllisesti, ja THL:n kuolinsyytilastoissa kirroosi näkyy joka vuosi kolminumeroisin luvuin. Jos Vorinostatin uudelleenkäyttö etenee Stanfordista vaiheen II kliinisiin kokeisiin, ensimmäinen suomalainen potilas voisi periaatteessa päästä hoidon piiriin alle viidessä vuodessa. Aikajänne on lyhyt verrattuna uuden molekyylin 10–15 vuoden kehityskaareen.
